Fas’ın en önemli iç sorunu Batı Sahara sorunu. Batı Sahara halkı, Saharavi diye adlandırılan Sahara Berberileri oluşur. Batı Sahara meselesi sömürgeci güçlerin mirasıdır ve bu güçler Batı Sahara'nın zengin fosfat rezervlerine sahip olması dolayısıyla bu bölgeye özel önem vermektedirler. İspanyolların ve Fransızların Batı Sahara’yı işgal altında tuttukları dönemde bu güçlere karşı bağımsızlık savaşı vermek üzere kurulan Polisario Cephesi (Batı Sahara Halk Kurtuluş Cephesi), Fas’ın ve Moritanya’nın bağımsız olmasından sonra yön değiştirerek Batı Sahara'da bağımsız bir devlet kurmak amacıyla bu iki ülkeye karşı gerilla savaşı başlattı. Batı Sahara denen bölgenin bir yanı okyanus, bir yanı kum. Sahravi’ler Arapça ve İspanyolca konuşuyor, nüfusları 200 bin civarı. Fas'a göre bu çöl parçası kendi ülkelerinin doğal bir parçası. Cezayir ise kendi toprağının bir uza ntısı olarak görüyor bu bölgeyi ve Polisario'yu destekliyor. Polisario esir alıyor, Fas ise kaybediyor ya da doğrudan öldürüyor, özellikle II. Hassan döneminde. Bugün Kral VI. Muhammed babası zamanında kaybolan yüzlerce kişinin ailesine tazminat ödüyor, uluslararası mahkemelerde hesap veriyor.
Fas çözüm olarak 1,5 km uzunluğunda dev bir kum duvarı inşa ediyor, Polisario 1976’da bu topraklarda bazı devletlerce tanınan bir Cumhuriyet kuruyor: Çöl Arapları Demokratik Cumhuriyeti. Geçenlerde AKP Hükümeti nedensiz bir şekilde bu devleti tanıyabileceği yönünde açıklamalar yapınca Fas’ta büyük çalkantı yaşandı… Bugün Fransa ve İspanya basta olmak üzere bazı Batılı ülkeler tarafından desteklenen Polisario Cephesi, Batı Sahara'nın bazı bölgelerini hâkimiyetine almıştır. Ancak 1993 yılında cephe gerillalarından ve komutanlarından bazılarının hükümet tarafına geçmesi üzerine ele geçirmiş olduğu toprakların önemli bir kısmını kaybetti. Fas hükümeti, Batı Sahara için bir özerklik planı hazırladı ve bölgenin bağımsızlığı için mücadele eden Polisario Cephesi ile müzakere etmek istiyor. Bu özerklik planı, Batı Sahara'da bir bölgesel hükümet kurulmasını, ancak savunma, dış politika, gümrük ve ticaret gibi konuların merkezi devletin kontrolünde kalmasını öngörüyor. Plana göre Batı Sahara; Fas bayrağını, parasını ve pullarını kullanmayı sürdürecek ve Fas Kralı VI. Muhammed'i ülkenin en yüksek dini otoritesi olarak kabul edecek. Polisario ise bağımsızlık referandumunun yapılmasını istedi ve Fas ile bağımsız bir Sahravi devletinin kurulmasıyla sonuçlanacak "özel bir ilişki kurmayı" önerdi. Sonuç olarak fiili olarak kabul edilse de Batı Sahara resmen Fas’a ait.
Fas’ın diğer bir iç sorunu ise Berberi (Yunanca: Arap olmayan) sorunudur. Gene Fransız’lardan ithaldir. Fransa her sömürgesinde yaptığı üzere etnik milliyetçiliği işler ve Berberilerin Araplar tarafından sömürüldüğü fikrini yayar. Fas'ı işgal ettikten sonra ülkenin halkını Araplar ve Berberiler olarak ayırdılar ve bu iki halkı birbirine düşman etmek için uğraşmışlardır. Farklı iddialar ile halkları provoke etmişlerdir; “berberiler tarih boyunca Araplar tarafından mağdur edildiler, kendi kimliklerinden uzaklaştırıldılar” ve bu iddia sonucu Berberileri İslâm öncesi hayatlarına geri döndürmeye çalıştılar. Aynı doğrultuda Berberi bölgelerini diğer bölgelerden ayırdılar ve bu bölgelere kısmi özerklik verdiler. Kendi ajanları ile Berberi kavmiyetçiliği akımı yarattılar. Aslına bakınca Berberi halkın çoğunluğu Müslüman kimliklerine sahip çıkar ve bu ithal akımı desteklemez. Ancak Fransız kültürü almış, Fransız etkisinde bazı Berberiler hâlâ bu kavmiyetçilik akımını ayakta tutma çabasındadırlar.